Dans la granulomatose de Wegener, les anticorps anti-cytoplasme des polynucléaires ont typiquement une fluorescence cytoplasmique (cANCA) et sont dirigés contre la protéinase 3 (PR3) (gauche). Dans la micropolyangéite, la fluorescence est habituellement périnucléaire (pANCA) et la cible la plus habituelle est la myéloperoxydase (MPO) (droite).